締結した36協定の「限度時間を超えて労働させる場合における手続き」のところに、「労働者代表者に対する事前申し入れ」と記載されていますので、この内容の通りに手続きを行う必要があります。
具体的には、残業時間が45時間を超える可能性のある従業員を洗い出し、その従業員には「特別条項を適用する」ということを、36協定を締結する際に選出した労働者の過半数代表者に対して伝えることになります。

従業員単位となります。
御社の36協定の特別条項を適用できる回数は、従業員ごとに年6回までに収めるようにする必要があります。

実務的には45時間を超えて残業をお願いすることになるという話を上長から従業員に伝えてもらった方がよいと考えます。
特別条項を適用する際の手続きにおいては、36協定の内容に従うことになっているため、御社の36協定届の内容であれば、特別条項が適用となる従業員に通知することまでは求められません。

先ほど見ていただいた項目の下に「限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置」というものがあります。
御社の場合、「対象労働者への医師による面接指導の実施」と記載してありますので、特別条項を適用した従業員については医師の面接指導を行う必要がありますね。

この実施状況に関する記録は、36協定の有効期間中と有効期間の満了後3年間保存する必要があります。
対象になったときは必ず実施するとともに、記録を残しておきましょう。
　

来年以降に特別条項の延長時間を変更する場合の注意点として、月の時間外労働と休日労働の合計が、1か月当たり100時間未満、2～6か月の平均をとって1か月当たり80時間を超えないことを遵守する必要があります。
とくに平均については管理が煩雑であり、例えば特別条項において1か月90時間まで延長するという内容で締結している場合には、当月は90時間の範囲に収まっているほかに、2～6か月平均でも月80時間以内に収める必要があります。
そのため、当月に90時間の時間外・休日労働があった場合には、その翌月は70時間以内に収めることが求められます。
また、この2～6か月の平均は、36協定の期間にしばられることなく、前後の36協定の期間をまたいだ期間にも適用されます。